Transport wraz z fragmentem błon to drugi rodzaj transportu substancji. Polega on na przenoszeniu substancji zamkniętych we wnętrzu pęcherzyków, które utworzone są z niewielkich fragmentów błony. Transport ten odbywa się na drodze endocytozy lub egzocytozy. Dotyczy on substancji o dużych cząstkach i cząstek organicznych.

    Formowane pęcherzyki ulegają spłaszczeniu przez specjalne białka (klatryny). Białka te uczestniczą w formowaniu pęcherzyka i powodują jego spłaszczenie, a tym samym ułatwiają pobieranie transportowanej substancji do pęcherzyka.   

Egzocytoza to transport, w którym formowane pęcherzyki przenoszą białka i lipidy między retikulum endoplazmatycznym, aparatem Golgiego i błoną komórkową. Odrywające się od retikulum pęcherzyki wędrują poprzez aparat Golgiego, a po dotarciu do błony komórkowej, zlewają się z nią. Substancja (białko lub cząsteczka lipidu), która się w nich znajduje, jest wbudowywana w błonę lub usuwana na zewnątrz.   

Endocytoza polega na transporcie cząstek do wnętrzna komórki, stąd przedrostek endo. Cząsteczka pobierana przez komórkę, po wcześniejszym rozpoznaniu, dzięki specjalnym białkom, przedostaje się do środka komórki przez błonę komórkową. Następnie formowany jest pęcherzyk, w którym zamykana jest dana cząstka i w ten sposób transportowana w komórce. Na drodze endocytozy wraz z udziałem specyficznych receptorów wprowadzane są do wnętrza cząsteczki cholesterolu, witaminy B12 czy żelazo.

Wyróżnia się dwie odmiany endocytozy: fagocytoza i pinocytoza.  

  Fagocytoza zaczyna się od zetknięcia się cząsteczki transportowanej z błoną komórkową. Następnie dochodzi do wpuklenia błony, która otacza cząstkę i formowany jest obroniony pęcherzyk - fagosom. Do pęcherzyka przyciągane są lizosomy, w których znajdują się enzymy trawienne. Enzymy te rozkładają hydrolitycznie cząstki na prostsze związki organiczne. Związki te przedostają się przez błonę pęcherzyka do cytoplazmy komórki, natomiast niestrawione resztki pokarmowe są usuwane na zewnątrz komórki. W wyniku fagocytozy są transportowane duże cząstki takie jak cząstki pokarmowe, mikroorganizmy czy zniszczone fragmenty komórek.  

  Przebieg fagocytozy
  1. Zetknięcie się cząstki transportowanej z powierzchnią błony komórkowej. 
2. Formowanie obłonionego pęcherzyka z cząstką transportowaną zamkniętą w jego wnętrzu – fagosomu. 
3. Lizosomy – organelle, w których znajdują się enzymy hydrolityczne, odpowiedzialne za trawienie wewnątrzkomórkowe. 
b. Przyłączenie lizosomów do fagosomu i trawienie zawartości pęcherzyka przez enzymy. 
4. Transport niestrawionych resztek pokarmowych. 
c. Usunięcie resztek pokarmowych do środowiska zewnętrznego przez błonę komórkową. 
5. Cytoplazma komórkowa. 
6. Błona komórkowa, oddzielająca wnętrze komórki od środowiska zewnętrznego.  

  Pinocytoza to transport polegający na pobieraniu cieczy i roztworów koloidowych przez komórkę. Rozpoczyna się w sposób podobny do fagocytozy, a więc zetknięciem się cząstki z błoną komórkową. Następnie cząstka wnika do głębokiego i wąskiego kanalika pinocytarnego, na którego końcu formowany jest pęcherzyk, zwykle dużo mniejszy od tego powstającego w fagocytozie. Pęcherzyk odrywa się od kanalika, po czym przyłączane są do niego lizosomy.

Następuje trawienie zawartości pęcherzyka, a produkty trawienia ulegają rozproszeniu w cytoplazmie.    Mitochondria są to organelle, których funkcja jest ściśle związana z procesami utleniania biologicznego. Liczba mitochondriów jest uzależniona od aktywności metabolicznej komórki. Im większa aktywność metaboliczna komórki tym większa liczba mitochondriów.

   Mitochondrium jest otoczone dwiema błonami biologicznymi. Warstwa zewnętrzna jest gładka, niepofałdowana, natomiast warstwa wewnętrzna posiada liczne uwypuklenia, nazywane grzebieniami mitochondrialnymi. Błona zewnętrzna posiada białka zwane porynami, które czynią ją przepuszczalną. Błona wewnętrzna nie posiada poryn i jest nieprzepuszczalna. Pomiędzy błoną wewnętrzną i zewnętrzną znajduje się przestrzeń perymitochondrialna.

   Wnętrze mitochondrium jest wypełnione przez macierz mitochondrialną, inaczej zwaną matriks. Jest to rodzaj roztworu koloidowego. W matriks znajdują się rybosomy (70S), a więc mniejsze od cytoplazmatycznych.    Budowa mitochondrium    Mitochondrium w obrazie mikroskopowym    Mitochondrium posiada własny materiał genetyczny – DNA. Jest to naga, (co oznacza niepołączona z białkami histonowymi) koliście zamknięta cząsteczka kwasu dezoksyrybonukleinowego.

W niej zapisana jest informacja genetyczna o białkach mitochondrialnych, a przede wszystkim o enzymach, które katalizują reakcje oddychania komórkowego.

Jest tam również zakodowana informacja na temat enzymów regulujących proces replikacji DNA i syntezy białek. Dzięki tym wszystkich cechom, a więc posiadaniu własnego DNA i rybosomów, mitochondria nazywane są organellami półautonomicznymi. Są one w dużym stopniu uniezależnione od informacji genetycznej zawartej w jądrze komórkowym.  


  Mitochondria są to organella wyspecjalizowane. Są miejscem produkcji energii dla komórki, a także stanowią przystosowanie do przemian oddechowych z udziałem tlenu. Energia, która jest wytwarzana w mitochondriach ulega magazynowaniu w postaci wysokoenergetycznych wiązań, które budują ATP. Są to centra energetyczne komórek.    Plastydy to owalne organelle, otoczone podwójną błoną biologiczną. Podobnie jak mitochondria, posiadają własne materiał genetyczny – plastydowe DNA, oraz rybosomy, dlatego też zaliczane są do organelli półautonomicznych.  
  Wymienia się kilka rodzajów plastydów. Wszystkie te typy powstają z prekursorów plastydów, jednego rodzaju struktur wyjściowych. Są to niewyspecjalizowane, otoczone podwójną błoną proplastydy. Te komórki nie posiadają wyraźnej struktury wewnętrznej i zewnętrznej. Występują licznie w komórkach embrionalnych i merystematycznych.  

  Typy przekształceń plastydów

   Można dokonać podziału plastydów, ze względu na obecność barwników, na bezbarwne i barwne. Plastydy bezbarwne powstają bez udziału światła i uaktywniają się w procesach metabolicznych. Do plastydów bezbarwnych należą leukoplasty i etioplasty. Leukoplasty to plastydy, których główną rolą jest przechowywanie materiałów zapasowych. Wśród nich wymienia się: lipidoplasty (olejoplasty, elajoplasty), amyloplasty i proteoplasty. Lipidoplasty to plastydy magazynujące tłuszcze.
Amyloplasty magazynują węglowodany, w postaci ziaren skrobii, uczestniczące w geotropizmie statolity.
Proteoplasty to plastydy, których zadaniem jest przechowywanie białek w postaci ziaren aleuronowych.
Etioplasty to typ plastydu, zabarwiony na kolor żółty, wytwarzany w komórkach potencjalnie zdolnych do fotosyntezy (np. liście), lecz bez dostępu do światła.
Po naświetleniu mogą przekształcić się w plastydy barwne - chloroplasty.    

Typy plastydów   

Plastydy barwne powstają przy udziale światła. Wyróżnia się chromoplasty, nieaktywne w fotosyntezie i innych procesach metabolicznych. Posiadają one barwniki takie jak czerwony karoten i żółty ksantofil, które nadają barwę kwiatom, owocom, a niekiedy również korzeniom (np. marchew). Chloroplasty są niezwykle aktywne w procesie fotosyntezy oraz w innych procesach metabolicznych. Większość proplastydów przekształca się właśnie w ten typ plastydów. Są one przystosowane do przeprowadzania procesu fotosyntezy.

   Chloroplasty są otoczone podwójną błoną biologiczną o różnym stopniu przepuszczalności. Błona zewnętrzne przepuszcza jony, natomiast błona wewnętrzna jest nieprzepuszczalna i wytwarza liczne wypustki nazywane tylakoidami. Tylakoidy ułożone są w płaskie stosiki, zwane granami. Jeden taki stosik to granum.

Grana są połączone rozciągniętymi tylakoidami zwanymi lamellami. U chloroplastów granalnych występują grana i lamelle, a w chloroplastach bezgranalnych jedynie lamelle. Wnętrze chloroplastu wypełnia stroma. Jest to roztwór koloidowy, w którego skład wchodzą niewielkie ilości DNA (chloroplastowy), enzymy biorące udział w fotosyntezie, a także rybosomy typu prokariotycznego (rybosomy małe, 70S), które biorą udział w produkcji białek.